諸般武學奧妙漸漸有融會貫通之勢熔于一爐??延續前一集的劇情獅子亞歷克斯（本·斯蒂勒 配音）、斑馬馬蒂（克里斯·洛克 配音）、長頸鹿邁爾曼（大衛·休默 配音）、河馬格洛里亞（賈達·萍克·史密斯 配音）以及企鵝們為了能離開馬達加斯加島回到五光十色的紐約大家對一架破舊的失事飛機進行維修改造并成功起飛當大家已經開始慶祝終于可以回到紐約時飛機卻意外降落迫降到了非洲大草原上在這兒獅子亞歷克斯終于見到了它的父母但是由于生活習性上太多不一樣而且言行舉止各異使得這群紐約來的動物們顯得格格不入這群昔日紐約中央公園的動物明星們在這野外艱難的環境中應該怎么辦雖然在這兒遇見了自己的同類但因為習性不同使得自己無法完全融入他們的群體為了能融入環境與同類們建立良好的關系大家都施展出各種招式笑料百出??祝午郎與馬莉亞毗臨而居祝開設午郎國術館而馬則開設馬家太極祝有女英才自幼習武唯祝迷信鐵板神數將英才女扮男裝武館弟子亦不知英才是女兒身英才暗戀大師兄華山伯經常借故示愛但華誤會她是同性戀者馬莉亞侄女夢梨自日本返港將馬家太極改成健康舞中心祝的弟子為了追女轉學健康舞夢梨遭飛仔調戲英才路過相救夢梨以為英才是男兒身芳心暗許但另一方面華山伯卻鐘情夢梨發展成三角關系英才要恢復女兒身離家出走適逢鬼節被男鬼上身更鬧出了不少笑話??